Két fő szempont van, az egyik a strukturális proteomika, a másik pedig a funkcionális proteomika. Kutatási határai nagyjából három területre oszlanak:
(1) A genom- vagy transzkripciós adatbázishoz, azaz az alkotó proteomikához kapcsolódó szervezetek vagy szövetsejtek proteome-kapcsolati csoportjának és proteome-kapcsolati csoportjának létrehozása.
(2) Fontos fiziológiai és patológiás rendszerek vagy folyamatok helyi proteomikája vagy összehasonlító proteómiája fontos életfolyamatok vagy főbb emberi betegségek esetén.
(3) A fehérjék közötti kölcsönhatás tanulmányozása különböző fejlett technológiákon keresztül, és egy bizonyos rendszer, azaz az interaktív proteomika, más néven "sejtatlasz" proteómia fehérjéinek feltérképezése.
Ezenkívül a proteomikai kutatások elmélyítése során új kutatási irányok merültek fel, mint például a szubcelluláris proteomika és a mennyiségi proteomika. A proteomika a rendszerbiológia fontos kutatási módszere.