A kétdimenziós gél elektroforézis technológia és a tömegspektrometriai technológia jelenleg a legelterjedtebb módszerek a proteomika tanulmányozására. A kétdimenziós gél elektroforézis technológia fehérje izoelektromos pontot és molekulatömeg-különbséget használ a különböző fehérjék megkülönböztetésére. Bár nehéz megkülönböztetni az alacsony bőségű fehérjéket a kétdimenziós gél elektroforézissel, magasabb üzemeltetési követelményekkel rendelkezik, de magas átviteli sebessége, jó felbontása és reprodukálhatósága, valamint a tömegspektrometriával kombinálva a legnépszerűbb és legmegbízhatóbb proteomikai kutatási módszerek. A kétdimenziós gél elektroforézis technológia és a tömegspektrometriai alapú proteomikai kutatási eljárások mintaelőkészítés→elektromos fókuszálás→polyakrilamid gél elektroforézis→gel festés→kivételű fehérjefoltok érdekes→ gél emésztés→mass spektrometriai elemzés meghatározására peptidek Ujjlenyomat vagy részleges aminosav-szekvencia→használt adatbázis meghatározására fehérje A proteomikai kutatások nagy felbontású fehérjeelválasztást és pontos és érzékeny tömegspektrometriai azonosítási technikákat igényelnek. A gél elektroforézisben a fehérjék színezése nemcsak a fehérjeszekció felbontását befolyásolja, hanem a későbbi tömegspektrometriai azonosítást is. A fehérjefestés négy kategóriába sorolható: szerves reagensfestés, ezüstfestés, fluoreszkáló festés és izotóp elszíneződés.
Unlu és mtsai. javasolt fluoreszcencia differenciál kijelző kétdimenziós elektroforézis (F-2D-DIGE) kvantitatív proteomikai elemzési módszer. A differenciál gél elektroforézis (DIGE) a 2-DE technikai fejlesztése. Egyesíti a módszer több fluoreszcencia elemzés. Ez elválasztja több mintát jelölt különböző fluoreszcencia ugyanazon gél, és bevezeti a belső A mögöttes koncepció. A két mintában lévő fehérjéket különböző fluoreszkáló címkékkel keverik, hogy 2-DE-t végezzenek a fehérje kifejezésének kimutatására a két mintában, ami nagyban javítja az eredmények pontosságát, megbízhatóságát és ismételhetőségét. A DIGE technológiában minden fehérjefoltnak megvan a saját belső szabványa, és a szoftver automatikusan kalibrálhatja kifejezését az egyes fehérjefoltok belső szabványa szerint, hogy az észlelt fehérje bőségváltozások igazak legyenek. A DIGE technológiát különböző mintákban alkalmazták.