Azok, akik ellenzik a géntechnológiával módosított élelmiszereket, számos érdekcsoportot érintenek, a Greenpeace-től a mezőgazdasági termelők egyesületeien át a keresztény egyházakon át stb. Felszólalásuk három területen összpontosul:
Először is, a genetikai módosítás a természet ellen van, és ezért káros. A támogatók megtorolták, hogy a mai növények már nem primitív fajták, különben az emberek által megett zöldségeknek meg kell egyedük a fűvel, amit az állatok esznek.
Másodszor, miután a gyomirtó rezisztenciával vagy toxikus kártevőirtó funkciókkal kapcsolatos géneket bevezetik a növényekbe, biztonságos-e az emberek számára az élelmiszer? Erre reagálva a támogatók hangsúlyozták, hogy eddig egyetlen képzett kutatóintézet sem talált bizonyítékot arra, hogy a géntechnológiával módosított élelmiszerek károsak az emberi egészségre, de hosszú távú hatásuk csak következtetni lehet, és nehéz átfogó bizonyítékot szerezni az emberek meggyőzre.
Harmadszor, lehetséges-e, hogy a géntechnológiával módosított növények támogatása túlságosan sietve befolyásolja a mezőgazdaságot és az ökológiai környezetet? A gyomirtó szerekkel szemben rezisztens géntechnológiával módosított növények támogatása arra ösztönözheti a mezőgazdasági termelőket, hogy túlzott gyomirtó szereket nevelnek, ezáltal kárt okozva vagy akár ki is oltva egyes nem fő növényeket. A fejlődő országok mezőgazdasági termelői közül sokan olyan nem fő terményeket használnak kiegészítő élelmiszerként vagy takarmányként. Az Egyesült Államok Halászati és Vadvédelmi Igazgatósága felfedezte, hogy 74 növényfajt veszélyeztetnek a gyomirtó szerek hatásai.